Фамилия Куюн редкая, и её происхождение вызывает споры. Вместо одной версии у нас две, и обе ведут в разные стороны — в степь и в тундру.

Первый вариант связывает фамилию с монгольским словом «кюжюн» — «шея». Так могли прозвать человека с длинной или, наоборот, короткой шеей. Прозвища по частям тела в тюрко-монгольской среде обычны: они не обязательно несли насмешку, часто просто фиксировали внешнюю примету.

Вторая версия отсылает к киргизскому «куюн» — «вихрь, смерч». Здесь прозвище могло характеризовать характер: стремительный, порывистый человек, которого «куда-то несёт». Есть и предположение, что это искажённое татарское «куян» — «заяц», но эта гипотеза слабее: фонетически «куюн» и «куян» расходятся, а заячьи прозвища чаще передаются через «Куян» или «Куянов».

Словообразовательная модель проста: фамилия Куюн — это застывшее прозвище без суффикса. Такие «голые» фамилии характерны для украинской и южнорусской традиции, но в данном случае, судя по географии, это скорее северный след.

Самый конкретный факт — упоминания в Книге памяти Сахалинской области. Куюн Василий Максимович (1877 г.р.) и Куюн Ульяна (1894 г.р., стойбище Чайво) — это коренные жители Сахалина. Стойбище Чайво — поселение нивхов, и фамилия Куюн встречается именно у нивхов. Это меняет дело: нивхский язык изолированный, не тюркский и не монгольский. Возможно, фамилия имеет местное, палеоазиатское происхождение, а тюрко-монгольские версии — результат случайного созвучия. Однако письменных источников по нивхским фамилиям мало, поэтому обе гипотезы остаются рабочими, но сахалинский след выглядит надёжнее — он подтверждён документально.