Фамилия Куземушкин — редкий пример, когда в основе лежит не имя, а прозвище, образованное от глагольной формы. В отличие от привычных Кузьминых или Кузёмкиных, здесь сработала не патронимическая модель (чей сын?), а описательная.

Корень фамилии — «куземус» или «куземушка». Это не имя Кузьма в уменьшительной форме, а диалектный глагол «куземусить» — путать, говорить сбивчиво, невнятно. В псковских и тверских говорах «куземуса» — человек, который бормочет или говорит неразборчиво. Слово звукоподражательное: похоже на «кузюкать» (мямлить) и «мусолить» (тянуть, мешкать). Прозвище Куземушка могли дать неспешному, задумчивому человеку или тому, кто косноязычно выражал мысли.

Суффикс «-кин» указывает на принадлежность по модели «чей?» — Куземушкин значит «сын Куземушки». Это типичная для северо-восточных и центральных областей России фамильная форма (сравните с Фомин, Пушкин). Интересно, что в официальных документах XVIII–XIX веков могли писать «Куземусов» (от мужской формы прозвища), но вариант «Куземушкин» прижился именно через женскую или уменьшительную форму прозвища — Куземушка.

Географически фамилия тяготеет к Тверской и Псковской губерниям — ареалу бытования самого глагола «куземусить». По переписям XIX века, носители фамилии встречаются среди государственных крестьян и однодворцев, реже — в купеческой среде. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована.

В современном русском языке слово утрачено, поэтому фамилия воспринимается как тёмная. Однако её разговорная, почти шутливая природа — редкий случай, когда прозвище закрепилось не по внешности или занятию, а по речевой манере предка. Никакой связи с именем Кузьма здесь нет, несмотря на внешнее сходство.