Фамилия Кузепукин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия, а прозвище, связанное с бытовой наблюдательностью. Разбирать её стоит с конца: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть исходно это было «сын Кузепуки» или «человек из семьи Кузепукиных». Основа — Кузепука — образована сложением двух слов: «кузя» и «пука».

В диалектной и просторечной лексике «кузя» — это не только уменьшительное от имени Кузьма, но и самостоятельное прозвище для неряшливого, чумазого человека (от «кузявый» — грязный, неопрятный). Вторая часть, «пука», в русских говорах имеет значение «петля», «завязка», а также «пучок» или «моток» (сравните с «пук» — связка, охапка). Соответственно, «Кузепука» — это прозвище, которое могли дать человеку с небрежно завязанной одеждой, вечно распущенным поясом или торчащими в разные стороны завязками. Бытовая деталь становилась фамильным прозвищем: соседи называли так того, чей кушак вечно развязывался или кто носил одежду «пуком» — неопрятно, мешком.

Модель образования фамилии — нестандартная. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев и -ин от канонических имён (Иванов, Кузьмин), Кузепукин — пример так называемой «бытовой» фамилии, возникшей в крестьянской среде из живого прозвища. Подобные фамилии (Торопыгин, Неумывакин, Замараев) редко попадали в дворянские родословные и почти не встречаются за пределами тех местностей, где сложились. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где диалектное слово «пука» в значении «петля» было в ходу, и где прозвища часто фиксировали внешний облик.

Есть и другая, менее вероятная версия: «кузя» как сокращение от Кузьма, а «пука» — искажённое «бука» (угрюмый, нелюдимый человек). Но тогда получилось бы «Кузьма-бука», что фонетически дало бы скорее Кузебукин, а не Кузепукин. Первая версия — с «пучком» и неопрятностью — выглядит убедительнее, так как лучше объясняет и форму слова, и бытовую логику прозвища.

Фамилия Кузепукин не имеет отношения к каким-либо известным дворянским родам. Её носители — потомки крестьян или посадских людей, получивших фамилию не по отцу-Кузьме, а по характерной черте — небрежности в одежде или манере носить вещи «пуком». В современных базах данных фамилия встречается редко, что делает её особенно ценной для семейной истории: в ней сохранился слепок живой народной речи, почти исчезнувшей из повседневного обихода.