Фамилия Кузеря — редкая, и её происхождение лежит в области прозвищ, а не в крестильных именах. В ней нет суффиксов, типичных для русских фамилий (-ов, -ин, -ский), что сразу указывает на её нерусскую или, точнее, западнорусскую, либо украинскую, белорусскую почву. Такая форма — чистая основа, без патронимического окончания, характерна для прозвищных фамилий, которые закрепились в документах именно в том виде, в каком человека называли в быту.

Корень «кузер» — тёмный и неоднозначный. Самая вероятная версия связывает его с глаголом «кузюрить» или «кузюкать», который в южнорусских и украинских говорах означал «делать что-то неспешно, копаться, возиться». В этом случае Кузеря — прозвище медлительного, нерасторопного человека или того, кто любит делать всё с ленцой. Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит диалектное слово «кузя» — так в некоторых регионах называли домашнее животное (кошку или собаку), а Кузеря могло быть уменьшительно-пренебрежительным прозвищем.

В польском языке есть слово «kuzera» (кузен, родственник), но для фамилии Кузеря это объяснение выглядит натянутым — такое прозвище не прижилось бы в крестьянской среде, где фамилии и формировались.

Географически фамилия тяготеет к западным областям России и к Украине. В дореволюционных переписях носители фамилии Кузеря фиксировались в Могилёвской, Черниговской и Полтавской губерниях. Сословно — почти наверняка крестьяне или мещане, без дворянского следа. Суффикса нет, поэтому фамилия не датируется поздним искусственным образованием — она уходит корнями в живую речь XVIII–XIX веков.

Если сравнивать с однокоренными, то ближайшие параллели — фамилии Кузюра, Кузюрин, Кузякин, но Кузеря стоит особняком из-за отсутствия суффикса и характерного окончания на «-ря». Это делает её уникальной в своём роде: она не говорит о роде занятий или отчестве, а прямо рисует портрет предка — человека, которого в деревне прозвали за его манеру делать всё не торопясь, «кузюрясь».