Фамилия Кужахмето — редкий пример фамилии, застывшей в неполной форме, без типичного русского суффикса принадлежности. Обычно такие фамилии оканчиваются на -ов, -ев или -ин, но здесь основа обрывается на гласную «о». Это может указывать на то, что перед нами либо украинский или белорусский вариант (где фамилии на -о распространены, например, Кузьменко, но здесь другая модель), либо, что вероятнее, фамилия была записана в исходном виде из тюркского языка и не прошла полную русификацию.

В основе лежит арабо-тюркское имя Кужахмет. Оно составное: первая часть «Кужа» — искажённое от «Ходжа» (господин, хозяин, почтенный человек, а также потомок пророка). Вторая часть — «Ахмет» (вариант имени Ахмад, что значит «самый хвальный», «достойный похвалы»). Таким образом, Кужахмет означает «господин Ахмет» или «почтенный Ахмет». Имя было популярно у татар, башкир и других народов Поволжья и Урала, принимавших ислам.

Носители фамилии Кужахмето, скорее всего, происходят из среды татарских или башкирских служилых людей, купцов или духовенства. В Российской империи многие татарские фамилии образовывались от имён предков без добавления русского суффикса, особенно если запись делалась в мусульманских метрических книгах или при переписи в тюркоязычной среде. Форма на -о могла возникнуть при адаптации фамилии в русскоязычной среде: окончание «о» могло быть добавлено для удобства склонения или как канцелярская ошибка при записи.

Географически фамилия тяготеет к Оренбургской области, Башкортостану и Татарстану. Встречается она крайне редко, что делает её уникальным маркером определённого рода. Сравнение с однокоренными фамилиями (Кужахметов, Кужахметье) показывает, что вариант без суффикса — самый архаичный и близкий к исходному имени.