Фамилия Кужунтаева — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии. В русском ономастиконе она стоит особняком: её корень не из святцев, не из профессий и не из внешних признаков. Чтобы понять, откуда она взялась, придётся заглянуть в тюркские языки.

В основе фамилии лежит мужское личное имя Кужунтай. Оно образовано сложением двух тюркских корней: «кужун» (в разных диалектах — «сила», «мощь», «крепость») и «тай» (уменьшительно-ласкательный аффикс, характерный для имён в казахском, киргизском, башкирском языках). Таким образом, Кужунтай — это что-то вроде «крепкий», «силач», «могучий». Имя давали мальчикам с пожеланием физической и духовной стойкости.

Суффикс «-ева» указывает на принадлежность: Кужунтаева — буквально «дочь (или жена) Кужунтая». В русской традиции фамилии на «-ов/-ев» закрепились за женщинами как производные от мужской формы. Мужской вариант — Кужунтаев. Модель образования типична для обрусевших тюркских фамилий: к основе на согласный прибавляли русский патронимический суффикс.

Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием тюркских народов — Оренбуржье, Башкортостан, Татарстан, северный Казахстан. Встречается она нечасто: по данным открытых телефонных справочников, носителей насчитывается не более нескольких сотен по всей России. Это говорит о том, что родословная, скорее всего, восходит к одному или нескольким небольшим родам.

Сословная принадлежность предков Кужунтаевых не зафиксирована в дворянских родословных книгах. С большой вероятностью это были крестьяне или казаки — в среде кочевых и полукочевых народов прозвища-имена вроде Кужунтай давали без оглядки на социальный статус. Фамилия не получила распространения в купеческом или духовном сословии, что тоже косвенно указывает на её «народное» происхождение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кужунтаева стоит в ряду с Кужунов, Куженбаев, Кужугет. Но «-тай» в основе — более архаичный и редкий формант, чем просто «-бай» или «-бек». Это делает фамилию своеобразным маркером: если вы Кужунтаева, ваши предки, вероятно, жили в среде, где ещё сохранялась древняя тюркская традиция имён с аффиксом «тай», уходящая корнями в эпоху до исламизации региона.