Фамилия Кыница — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с человеком, а с животным. Корень здесь — «кыница». Так в юго-западных русских говорах (на территории современной Украины и Беларуси) называли куницу. Разница в первой букве — звук [ы] вместо [у] — типичная черта местного произношения, где «у» после твёрдых согласных могла переходить в «ы». Таким образом, прозвище Кыница означало «куница» и могло относиться либо к охотнику на этого пушного зверя, либо к человеку, который торговал куничьими шкурками, либо — реже — к ловкому, юркому и хитрому человеку, которого сравнивали с этим зверьком.

Словообразовательная модель фамилии — бессуффиксная, что для русских фамилий нехарактерно. Обычно фамилии образуются с помощью суффиксов принадлежности (-ов, -ев, -ин) или притяжательных окончаний. Здесь же прозвище Кыница перешло в фамилию без изменений, в «чистом» виде. Такое часто случалось на украинских и белорусских землях, где фамилии на -а, -я (Куница, Синица, Сорока) были распространены гораздо шире, чем в Великороссии. Географически Кыница — почти стопроцентный маркер западнорусского или украинского происхождения рода.

В отличие от фамилии Куница (которая встречается и у русских, и у украинцев), форма Кыница более узкая и локальная. Она могла закрепиться за крестьянином или ремесленником, который промышлял пушниной, но не исключён и вариант, что прозвище дали за внешнее сходство: возможно, у предка были тёмные волосы и цепкий взгляд. В письменных источниках фамилия встречается редко, что говорит о её малочисленности и сохранении в основном в сёлах Черниговской, Киевской или Волынской губерний.

С точки зрения ударения, оно, скорее всего, падает на первый слог: Кы́ница. Второй вариант — на второй слог (Кыни́ца) — возможен, но менее вероятен, так как в говорах, где «ы» на месте «у», ударение обычно остаётся на корне. Носителям фамилии стоит помнить, что их предки носили прозвище, которое местные жители понимали без словаря: «куница». Это не книжная, а живая, народная фамилия, которая сохранила диалектное произношение почти в неизменном виде.