Фамилия Кырнышева — женская форма от Кырнышев, и её происхождение неочевидно даже для специалиста по русским фамилиям. В отличие от большинства фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён (Иванов) или профессий (Кузнецов), основа «кырныш» отсутствует в стандартных словарях древнерусских прозвищ и имён.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий корень «кыр» означает «поле», «степь» или «пустошь». Суффикс «-ныш» мог образовывать уменьшительные или прозвищные формы. Таким образом, «Кырныш» — это человек, живущий в степи, на открытой местности, или выходец из такой местности. Фамилия могла закрепиться за русскими переселенцами, жившими по соседству с тюркскими народами (например, в Поволжье, на Урале или в Сибири), либо за обрусевшими татарами, башкирами или чувашами.

Менее правдоподобная, но встречающаяся в народной этимологии версия — связь с диалектным словом «кыркать» (кашлять, хрипеть) или «кырныкать» (ворчать, брюзжать). Однако для прозвища «Кырныш» такая основа нехарактерна: в русских говорах чаще использовали прямые формы вроде «Кыркун» или «Ворчун». Поэтому тюркская гипотеза выглядит убедительнее.

Фамилия редкая. Её география не широка: носители встречаются в Пермском крае, Кировской области и на юге Урала. Это указывает на локальное происхождение, возможно, от одного родоначальника, который получил прозвище в конкретной местности. Суффикс «-ев» (а не «-ов») в фамилии Кырнышев объясняется фонетикой: после мягкого согласного «ш» исторически писалось «-ев», хотя звучит основа твёрдо.

В дореволюционной России фамилия встречалась преимущественно в крестьянской и мещанской среде. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.