Фамилия Кытины (в мужском варианте — Кытин) образована по самой распространённой в русском языке модели: к основе прозвища Кытя добавили притяжательный суффикс -ин, который буквально означал «чей?» — «сын Кыти». Такой способ словообразования был типичен для северных и центральных областей России.

Прозвище Кытя восходит к диалектному слову, которым в старину подзывали ягнят, а иногда и поросят. В некоторых говорах «кытя» — это ласковый окрик для домашней живности, почти как «цып-цып» для кур. Отсюда два возможных портрета первого носителя прозвища. Первый: человек, которого прозвали Кытей за мягкий, беззащитный нрав — за сходство с ягнёнком. Второй, более бытовой: владелец отары овец или свиней, в чьём хозяйстве часто звучал этот оклик. В русской ономастике прозвища по голосам, которыми скликали животных, встречаются, но довольно редки, что делает фамилию Кытиных заметной на фоне более частых «животных» фамилий вроде Барановых или Свиридовых.

Говорить о точной дате и месте возникновения фамилии сложно: процесс закрепления прозвищ в качестве наследственных фамилий длился несколько столетий, и Кытины могли появиться в разных регионах независимо друг от друга. Однако именно диалектная основа «кытя» (а не литературное «ягнёнок») указывает на то, что фамилия сформировалась в среде, где это слово было в ходу, — скорее всего, в одном из южнорусских или среднерусских говоров. В письменных источниках фамилия встречается нечасто, что подтверждает её редкость и узколокальное происхождение.