Фамилия Кызылаков — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. Её основа — «Кызылак» или «Кызылык» — тюркское слово, входящее в топонимику Южной Сибири. В Хакасии и на юге Красноярского края есть несколько урочищ, речек и гор с названием Кызылак, что переводится как «красноватое место» (от тюркского «кызыл» — красный). Скорее всего, предок носителя фамилии получил прозвище по месту жительства: он был «кызылакский», то есть выходец из местности с таким названием.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилии, типичную для XIX века, когда коренное население Сибири получало фамилии по русскому образцу. В данном случае это не отчество, а притяжательная форма от прозвища или географического наименования: «сын Кызылака» или «из рода Кызылаковых». Форма «Кызылаков» вместо более ожидаемого «Кызылакский» говорит о том, что фамилию давали не через официальную канцелярию, а в бытовом общении, где русские чиновники или священники переделывали местное имя на привычный лад.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от личного имени Кызылак. В тюркской антропонимике такие имена иногда давали детям с рыжими волосами или румяным лицом (красный = рыжий, румяный). Однако для Сибири, где фамилии массово закреплялись в XIX веке, топонимическая версия выглядит убедительнее: слишком много однотипных фамилий (Улугбаков, Абаканов, Таштыпов) образовано именно от названий мест.

Носители фамилии Кызылаков сосредоточены в Хакасии, Туве и на юге Красноярского края. За пределами этого региона фамилия практически не встречается, что подтверждает её локальный, «сибирский» характер. Искать дворянские корни или связь с древнерусскими прозвищами здесь бессмысленно — это стопроцентный след поздней русификации тюркского населения.