Фамилия Лабошкина — женская форма фамилии Лабошкин, и её происхождение упирается в редкое и диалектное слово. В отличие от сотен тысяч фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён или распространённых профессий, эта фамилия почти наверняка связана с прозвищем, которое давали по поведению или особенностям речи.

Основа — «лабошка» или «лабышка». В русских говорах, особенно в северных и сибирских, так называли неловкого, неуклюжего человека, а также того, кто говорит невнятно, «лабает» — то есть мямлит, бормочет или косноязычен. Глагол «лабать» в этом значении (не путать с жаргонным «лабать музыку») фиксируется в словаре В. И. Даля как диалектный. Человек, получивший прозвище Лабошка, скорее всего, был медлительным, нерасторопным или имел дефект речи.

Суффикс -к- в основе («лабош-к-а») — характерный для прозвищ и имён собственных в народной среде (сравните: Лёшка, Серёжка, но в качестве фамильной основы — Лабошка). Фамилии на -ин образованы от слов, оканчивающихся на -а/-я: Лабошка → Лабошкин → Лабошкина. Модель типичная для русской ономастики, но сама основа редкая.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северо-западным областям России. Встречается она нечасто, что подтверждает её происхождение от локального прозвища, а не от широко распространённого имени или занятия. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века Лабошкины фиксируются в основном среди крестьян и мещан — в среде, где прозвища были живы и передавались как родовые имена.

Спорных версий немного. Иногда корень «лаб-» сближают с польским «łaba» (лапа) или с литовским «lobti» (обдирать, лупить), но для русской фамилии эти параллели натянуты: гораздо правдоподобнее, что перед нами исконное русское диалектное слово, вышедшее из активного употребления.