Фамилия Лабынкин образована по модели, типичной для русского севера и восточных регионов: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а основа — прозвище или нецерковное имя Лабынка. Самая вероятная версия происхождения — от диалектного слова «лаба» или «лабыня». В архангельских и вятских говорах «лабой» называли неуклюжего, неповоротливого человека, а «лабыня» — это либо прозвище такого же медлительного человека, либо производное от «лабать» (играть на музыкальном инструменте, чаще всего на гармони). Исходный вариант Лабынка мог означать «сын или потомок Лабы» — то есть человека с таким прозвищем.

Суффикс -ын- в основе встречается реже, чем простое -ин: он характерен для прозвищ на -ыня (ср. Лабыня → Лабынкин). Фамилия явно не дворянская — она из крестьянской или мещанской среды, где прозвища давали по внешности или поведению. Встречается она преимущественно в Пермском крае, Кировской области и на Урале, что совпадает с зоной распространения северорусских говоров. Переселенцы могли занести её в Сибирь, но документально подтверждённых ранних очагов за Уралом нет.

Менее убедительная версия связывает фамилию с рекой Лаба (приток Кубани) или с топонимом Лабынкыр — озером в Магаданской области. Но для русского ойконима Лабынкыр (из языка юкагиров) связь с фамилией маловероятна: фамилия фиксируется раньше, чем там появились русские поселенцы. Также не стоит путать Лабынкина с однокоренной фамилией Лабутин — у той основа от «лабута» (размазня, болтун), а здесь корень короче и суффикс другой.

В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского и словаре В. А. Никонова фамилия не упоминается — она редкая, не попала в основные своды. Это значит, что её носители не входили в число служилых людей или купечества, оставаясь в крестьянской среде. Прозвище Лабынка могло закрепиться за человеком, который «лабынил» — медленно работал или, наоборот, был заводилой в песнях и плясках. Точного значения сегодня не восстановить, но ясно, что фамилия не книжная, а живая, народная.