Фамилия Лабышкин — редкий пример, где суффикс указывает на происхождение точнее, чем корень. Модель «-ышкин» встречается несравнимо реже, чем стандартные «-ов» или «-ин», и указывает на прозвище, образованное через уменьшительно-уничижительную или ласкательную форму. То есть в основе лежит не имя Лаба, а прозвище Лабышка — так могли называть человека небольшого роста, неуклюжего или, наоборот, с ласковым оттенком, как «малыш» или «коротышка».

Сам корень «Лаб-» не имеет однозначного славянского объяснения. В русских говорах слова «лаба», «лабый» не зафиксированы в значении, которое давало бы прозвище. Поэтому наиболее вероятна версия, что основа — искажённое или диалектное заимствование. Например, в псковских и тверских говорах «лаба» означала «ленивый, неповоротливый человек» (от финно-угорского «laba» — «медленный»). В северо-западных регионах, где исторически было сильное влияние прибалтийско-финских языков, такие корни не редкость.

Менее правдоподобна, но возможна связь с профессиональным прозвищем. В южнорусских говорах «лабаз» — это сарай или лавка, а «лабазник» — торговец. Однако суффикс «-ышк-» вряд ли образовался бы от «лабаз» напрямую (скорее получился бы Лабазов или Лабазников). Скорее всего, Лабышка — это прозвище человека, который работал на лабазе или жил рядом с ним, но уже в уменьшительной форме.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу и центру России: чаще всего Лабышкины встречаются в Тверской, Псковской и Новгородской областях, реже — в Вологодской. Это косвенно подтверждает версию о финно-угорском следе в корне. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская — суффикс «-ын» в форме «-ышкин» типичен для простонародных прозвищ, которые закрепились в документах XVII–XVIII веков.

Если сравнивать с однокоренными, то ближайшая параллель — фамилия Лабышев. У неё та же основа, но другой суффикс («-ев» вместо «-ин»), что указывает на вариант образования от той же прозвищной формы. Лабышкин — более редкий вариант, сохранивший исходную уменьшительную форму прозвища.