Фамилия Латышкин образована от прозвища Латышка. Это уменьшительная или обиходная форма прозвища Латыш, и у неё есть несколько возможных толкований.

Самое прямое объяснение — этническое. Латышом или Латышкой на Руси называли выходца из Прибалтики, жителя Латвии. Прозвище могло закрепиться за человеком, который переселился в русские земли, либо за тем, кто, не будучи латышом по крови, долго жил среди них, перенял язык или обычаи. Однако это не единственная версия.

В тамбовских говорах латышом называли кирасира — солдата, носившего латы (металлические доспехи). Прозвище Латышка могло закрепиться за военным или человеком, чья служба была связана с тяжёлым снаряжением. Есть и третий вариант — от глагола «латышать», который означал «картавить, говорить неразборчиво». В этом случае прозвище указывало на дефект речи или манеру произношения.

Выбор между версиями зависит от региона и контекста. В пользу этнического происхождения говорит то, что прозвища по национальности — одна из самых распространённых моделей в русской ономастике. В пользу диалектного или профессионального — более узкая, но конкретная привязка к быту.

Исторические источники подтверждают, что прозвище Латыш бытовало уже в XVI веке. В работе С. Веселовского упоминается Латыш Петр Сергеев — крестьянин 1591 года из Арзамаса. Фамилия Латышкин, как и многие другие, закрепилась за потомками этого человека или его однофамильцев через стандартный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Латышкин, то есть сын или потомок Латышки.