Фамилия Латышкины — типичная русская фамилия, образованная по модели «прозвище + суффикс -ин». Она отвечает на вопрос «чей?»: сын или потомок Латышки. В основе лежит прозвище Латышка — уменьшительно-обиходная форма от прозвища Латыш.

Основная версия происхождения — этническая. Латышом или Латышкой могли прозвать предка, который был родом из Латвии или Прибалтики. Но не обязательно по крови: так могли назвать и русского человека, который долго жил среди латышей, перенял их язык или обычаи. В XVI–XVII веках, когда фамилии только закреплялись, такие прозвища были распространены: в документах упоминается, например, крестьянин Латыш Петр Сергеев (1591 год, Арзамас). Это указывает, что прозвище бытовало в центральной России задолго до того, как стало фамилией.

Есть и другая, диалектная версия. В тамбовских говорах «латышом» называли кирасира — солдата, носившего латы (металлические доспехи). Если предок служил в тяжелой кавалерии или выделялся статью, его могли прозвать Латышом, а в быту — Латышкой.

Третья версия связана с особенностями речи. Глагол «латышать» в некоторых говорах означал «картавить, говорить неразборчиво». Прозвище Латышка могло закрепиться за человеком с дефектом дикции. Эта версия менее вероятна, чем две первые, но полностью исключать её нельзя, особенно в семьях, где нет прибалтийских корней.

Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду: Латышкин — «сын Латышки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Фамилия Латышкин фиксируется в разных регионах, но чаще всего встречается в центральных и северо-западных областях России.

О точном времени и месте возникновения конкретной ветви Латышкиных говорить сложно — фамилии складывались постепенно, на протяжении нескольких веков. Однако прозвищная основа «латыш» известна с конца XVI века, а значит, и фамилия могла появиться не позднее XVII столетия.