Фамилия Латышковы происходит от прозвища Латышко, а оно, в свою очередь, — от более древнего прозвища Латыш. Самая прямая версия: так могли назвать выходца из Латвии или человека, имевшего к этим землям какое-то отношение. Но география тут шире, чем может показаться. Латышкой на Руси нередко дразнили и того, кто, не будучи латышом по крови, долго жил среди них, перенял язык или манеры. Есть и другая, бытовая версия: прозвище могли дать за невнятную, картавую речь — от глагола «латышать», то есть говорить неразборчиво. А в тамбовских говорах «латыш» — это кирасир, воин в латах, и прозвище могло закрепиться за служилым человеком.

Фамилия образована с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ов, который буквально отвечает на вопрос «чей?»: Латышков — значит сын или потомок Латышка. Эта модель одна из самых распространённых в центральной России, и она надёжно указывает на русскую среду бытования фамилии, независимо от того, какой смысл вкладывался в прозвище изначально.

В исторических документах встречается раннее упоминание прозвища: в 1591 году в Арзамасе жил крестьянин Латыш Петр Сергеев. Это показывает, что корень фамилии уходит в XVI век, а сама фамилия сформировалась чуть позже, когда прозвище закрепилось за детьми и внуками. Точное место возникновения фамилии Латышковы сейчас установить сложно — процесс шёл постепенно в разных уездах, но арзамасский след даёт одну из вероятных точек отсчёта.