Фамилия Латышенко характерна для украинской и южнорусской ономастики. Её основа — прозвище или мирское имя Латыш, а суффикс -енко (в украинском языке — «сын», «потомок») указывает на происхождение: «сын Латыша». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, модель на -енко была массовой на Левобережной и Слободской Украине, а также среди казачества.

Исходное слово «латыш» не обязательно означало принадлежность к балтийскому народу. В XVI–XVII веках на южных рубежах России и в Речи Посполитой латышами или лотвой могли называть выходцев из Прибалтики, а также просто чужаков с запада. В документах XVII века встречаются прозвища Латка, Латыш — их давали за говор, одежду или место, откуда человек пришёл. В Войске Запорожском, где служило много иноземцев, такое прозвище мог получить и наёмник, и пленный, оставшийся на службе.

Спорных версий здесь немного. Корень прозрачный, и нет оснований возводить фамилию к тюркскому или славянскому слову с другим значением. Однако стоит помнить: фамилии на -енко в XVIII–XIX веках часто давали не по отцу, а по деду или старшему в роду, поэтому Латышенко мог означать «внук Латыша» или «из рода Латышей». В метрических книгах Курской и Харьковской губерний фамилия встречается с середины XVIII века — именно в тех местах, где оседали переселенцы с Правобережья и служилые люди из «литвинов».

С точки зрения социолингвистики, Латышенко — фамилия казацкого или крестьянского сословия. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или гербовниках нет, что подтверждает её народное, низовое происхождение. Интересная деталь: на Кубани и Дону фамилия иногда писалась через «о» — Латышонко, что отражает местное аканье и южнорусскую диалектную черту. В современной России Латышенко чаще всего встречается в Белгородской, Воронежской и Ростовской областях.