Фамилия Латышев образована от прозвища Латыш. Самое прямое объяснение — предок был латышом по национальности, приехал из Латвии или долго жил среди латышей. Однако не все Латышевы — потомки балтов. В псковских говорах «латыш» значит «картавый», так называли неразборчиво говорящего человека. В тамбовских краях слово обозначало того, кто носит латы, то есть кирасира. Прозвище могли дать по внешнему признаку или роду занятий, а не по этническому происхождению.

Словообразовательная модель простая: к основе Латыш- добавили типичный русский суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?»). Фамилия распространена у русских, а не только в Прибалтике. В словаре С. Б. Веселовского «Ономастикон» зафиксирован Латыш Петр Сергеев, крестьянин 1591 года из Арзамаса — одно из ранних упоминаний прозвища в документах.

Из известных носителей — Василий Васильевич Латышев (1855–1921), филолог-классик, эпиграфист и историк, академик, и Александра Александровна Латышева (1830–1878), петербургская оперная певица (меццо-сопрано/контральто). Потомки человека по прозвищу Латыш со временем закрепили за собой фамилию Латышев.