Фамилия Лагер — редкий случай, когда русская по форме фамилия, скорее всего, имеет западное, а не славянское происхождение. В ней нет типичных русских суффиксов (-ов, -ев, -ин, -ский), которые указывали бы на принадлежность отцу или месту. Окончание на -ер подсказывает, что мы имеем дело с основой, заимствованной из немецкого или голландского языков.

Самое прямое объяснение — немецкое слово Lager, которое переводится как «лагерь», «стан», «склад». В России XVIII–XIX веков, особенно в Поволжье и Причерноморье, было много немецких колонистов. Фамилия Лагер могла закрепиться за человеком, который жил в лагере (временном поселении) или работал на складе. Второй вариант — прозвище по профессии: Lagerer (кладовщик, заведующий складом) или по названию должности в помещичьем хозяйстве. В южных губерниях «лагером» называли и место стоянки войск, так что фамилия могла достаться отставному солдату или сыну военного.

Есть и менее очевидная версия, связанная с еврейским ашкеназским происхождением. В идише слово lager означало то же самое, и фамилию могли искусственно присвоить при переходе на фамилии в Российской империи, по месту проживания или роду занятий. Но здесь важно не путать с фамилией Лагерь, которая встречается у русских и украинцев и образована от нарицательного «лагерь» (стоянка, табор) с нулевым суффиксом.

Географически фамилия Лагер чаще всего встречается на юге России, в Краснодарском крае, Ростовской области, а также в Крыму — там, где исторически жили немецкие колонисты и были военные гарнизоны. В центральных регионах она редка. В отличие от фамилий вроде Лагерёв или Лагерный, которые явно русифицированы, Лагер сохранил исходную немецкую форму без адаптации.