Фамилия Лагодиенко образована по украинской модели — суффикс -енко указывает на происхождение от отца: «сын Лагодия». Такая форма типична для восточных и центральных областей Украины, где фамилии на -енко стали массово фиксироваться в XVI–XVII веках. В основе фамилии лежит прозвище или древнерусское нецерковное имя Лагодий.

Корень здесь — лагод-, родственный слову «лагода». В северных и центральных русских говорах «лагода» означала «порядок, мир, согласие, кротость». Отсюда первая версия: Лагодием называли человека покладистого, спокойного, с кем легко найти общий язык. Вторая версия отталкивается от глагола «лагодить» — «ладить, налаживать, делать руками». В этом случае прозвище получал умелый мастер, который мог починить и построить. Не исключено и третье объяснение: имя Лагода (в форме Лагодий) было языческим, охранительным — родители давали его ребёнку с пожеланием мирной, ладной жизни.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются у северян, суффикс -енко закрепился в украинской антропонимии как знак патронимического родства. Лагодиенко — буквально «потомок Лагодия». Со временем прозвище вытеснило личное имя и стало наследственным. Сейчас фамилия встречается в Украине и в южных областях России, куда переселялись носители в XVIII–XIX веках. Однокоренные фамилии — Лагода, Лагодин, Лагодский — различаются по суффиксам, но все восходят к тому же корню со значением «лад, мир, мастерство».