Фамилия Лахнеко звучит непривычно для русского уха, и это прямой подсказчик её происхождения. Перед нами яркий пример украинской или белорусской фамилии, образованной по продуктивной в этих языках модели с суффиксом -енко. Суффикс -енко (иногда в упрощённой форме -ко) в XVI–XVII веках был основным способом создания фамилий на землях современной Украины и юга Беларуси, обозначая «сына» или «потомка» человека, названного в основе.

Основа фамилии — Лахне — скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу Лахно. В свою очередь, это прозвище могло образоваться от слова «лах» или «лахно». В старых южнорусских говорах «лах» — это поляк или католик, слово с явным этническим оттенком, иногда пренебрежительным. Однако более вероятно, что корень связан с диалектным «лах» — лохмотья, рваная одежда, или с глаголом «лахать» — жадно есть, хлебать. В таком случае Лахно — прозвище неопрятного или неразборчивого в еде человека. Встречается и версия, что это форма крестильного имени Галактион (в просторечии Лахтион), но она менее убедительна из-за редкости такого перехода.

Таким образом, первый носитель фамилии Лахнеко — это человек, которого в округе знали как «Лахно», а его дети или внуки стали писаться как «Лахненко» (сын Лахны). Со временем конечное «н» могло выпасть или упроститься, дав современное Лахнеко. Географически фамилия тяготеет к Черниговской, Полтавской и соседним областям Украины, а также к юго-восточным районам Беларуси — именно там фамилии на -енко особенно частотны.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, Лахнеко не указывает на конкретное ремесло или сословие предка. Она говорит только о его прозвище, которое, скорее всего, было дано за внешность или привычки. За три столетия фамилия могла менять написание: в старых метрических книгах встречаются варианты Лахненко, Лохнеко, а иногда и Лахна, если записывали только прозвище без суффикса.