Фамилия Лакунин — редкий случай, когда даже опытные ономасты разводят руками. Проблема не в том, что корней много, а в том, что все они — тёмные лошадки. Попробуем разобраться по порядку.

Первое, что бросается в глаза — суффикс -ин. Он указывает на принадлежность: «чей?» — Лакунин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Лакуня. Но вот с самим прозвищем начинаются сложности. Самый очевидный путь — от слова «лакуна» (пропуск, пробел, пустота). Вряд ли это прозвище давали за любовь к пробелам в тексте. Скорее, если отталкиваться от латинского lacuna — «углубление, впадина», прозвище мог получить человек с ямочкой на подбородке или щеке, либо тот, кто жил в низине, в «яме». Но это версия слабая: слово «лакуна» вошло в активный русский обиход довольно поздно, в XVIII–XIX веках, в основном через научную и книжную лексику. Вряд ли оно стало бы основой для крестьянского прозвища.

Гораздо правдоподобнее версия, что Лакунин — это искажённая или диалектная форма фамилии Лактионов или Локунин. Лактион — народная форма канонического имени Галактион (от греч. «молочный»). В русских говорах «аканье» и «оканье» легко превращали Галактиона в Лактиона, а уменьшительная форма — Лактуня или Лакуня. Тогда Лакунин — «сын Лакуни», то есть потомок человека, которого в быту звали Лакуней вместо Лактиона. Эта версия подкрепляется тем, что фамилии на -ин, образованные от просторечных форм имён, — массовое явление (Ларин от Ларион, Федин от Фёдор).

Третья, менее вероятная, но не исключённая версия — связь с корнем «лак-» в значении «красить, покрывать лаком». Если предок был мастером-лакировщиком, его могли дразнить Лакуном. Но эта профессия была узкой и городской, а фамилия, скорее всего, крестьянская.

География фамилии тоже показательна: Лакунины встречаются в центральных областях России, в Поволжье и на Урале, что согласуется с зоной распространения имени Лактион. Встречаются и варианты написания — Локунин, Локонин, что только подтверждает связь с «оканьем» и народной этимологией.

Итог прост: скорее всего, ваш предок звался Лакуней в кругу семьи и соседей, а полное его имя было Лактион (Галактион). Фамилия — типичный пример того, как живая речь «съела» церковное имя, оставив нам короткое и не сразу узнаваемое наследство.