Фамилия Лакунина образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — от прозвища или имени, оканчивающегося на -а, с помощью притяжательного суффикса -ин. Основа здесь — Лакуня. Это уменьшительно-ласкательная форма, которая могла возникнуть от целого ряда имён и прозвищ.

Самый вероятный источник — каноническое имя Галактион. В народном произношении оно нередко сокращалось до Ла́ктя, Лакуни или Лакуши. Такой вариант сокращения — с отпадением первого слога и смягчением — типичен для русской бытовой речи: Галактион превращался в Лактиона, а затем в Лакуню. Следовательно, Лакунин — это «сын Лакуни», то есть потомок человека, которого в обиходе звали уменьшительным именем от Галактиона.

Менее распространённая, но всё же возможная версия отсылает к диалектному слову «лакун» — так в некоторых говорах называли лакомку, сластёну или, напротив, неряшливого, неопрятного человека. В этом случае прозвище Лакуня мог получить либо любитель сладкого, либо человек, не следивший за собой. Однако для фамилий, образованных от подобных корней, обычно характерен суффикс -ов (Лакунов), тогда как -ин прямо указывает на основу женского или мужского рода с окончанием -а, что типично именно для имён и ласкательных прозвищ.

Фамилия Лакунина — женская форма, и в таком виде она бытует преимущественно в центральных и северных областях России, где суффикс -ин особенно продуктивен. Мужской вариант — Лакунин. Фамилия редкая, не входит в число массовых, но её носители встречаются в архивных записях по Тверской и Ярославской губерниям. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» прямая статья о Лакунине отсутствует, но модель с основой на -уня и суффиксом -ин описана как типичная для северных говоров.