Фамилия Лавонины образована от прозвища Лавоня. Самая прямая версия связывает его с литовским словом lavonas — «труп, покойник». Если принять эту версию, основатель рода мог быть могильщиком или иметь дело с погребальными обрядами. Однако в народной среде такие прозвища нередко давали с обратным смыслом — как оберег: считалось, что «плохое» имя отпугнёт злых духов и ребёнок вырастет здоровым. Так что Лавоней могли назвать мальчика нарочно, надеясь обмануть судьбу.

Модель фамилии простая и типичная для русского севера и центра: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Лавонин, то есть сын или потомок Лавони). Это одна из самых распространённых патронимических моделей в русской ономастике, наряду с -ов/-ев.

Сложность в том, что прозвище Лавоня могло возникнуть и на русской почве, независимо от литовского корня. В говорах встречается глагол лавонить — «льстить, ублажать лестью», а лавоня — льстец. В этом случае фамилия уходила бы корнями в народную характеристику человека: говорливого, угодливого или хитрого. Обе версии имеют право на существование, но литовская выглядит более конкретной и проверяемой, хотя и не бесспорной.

Точное место и время возникновения фамилии Лавонины установить трудно: процесс закрепления прозвищ в фамилии шёл несколько столетий, и документальные свидетельства по этой фамилии редки. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании — скорее всего, в западных или северо-западных областях, где контакт с литовским языком был исторически плотным.