Фамилия Лавонин — одна из тех, чья история уходит корнями не в славянские земли, а в соседнюю Литву. В её основе лежит прозвище Лавоня, которое, по наиболее убедительной версии, происходит от литовского слова lavonas — «труп, покойник». Прозвище звучит мрачно, но для средневекового именования это обычное дело: так могли назвать человека, чья работа была связана с погребением умерших, например могильщика. В те времена подобные «профессиональные» прозвища давали без негативного оттенка — просто по роду занятий.

Однако есть и другая, более мягкая версия. Согласно ей, Лавоня — это народная, уменьшительная форма крестильного имени Лаврентий (от латинского laurus — «лавр», символ победы и славы). В этом случае родители могли назвать сына Лавоней в надежде, что он вырастет здоровым и красивым, как лавровое дерево. Имя Лаврентий было на Руси нередким, а его просторечные варианты — Лавон, Лавоня — встречались в крестьянской и мещанской среде.

Обе версии имеют право на существование, но первая — с литовским корнем — выглядит более редкой и потому интересной. Она указывает на возможные контакты предков носителей фамилии с балтийскими территориями: границы Великого княжества Литовского и Московского государства были подвижны, и люди перемещались вместе с языком и обычаями.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Лавонин, то есть сын или потомок Лавони. Такая модель типична для фамилий, образованных от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Встречается фамилия Лавонин преимущественно в центральных и северо-западных регионах России, что косвенно подтверждает версию о литовском или приграничном происхождении.