Фамилия Лекенюк — редкий случай, когда географическая привязка оказывается едва ли не важнее этимологии. С высокой вероятностью её корни — на западноукраинских землях, в зоне активного польского и белорусского влияния. Суффикс -юк — типичный для фамилий Волыни, Полесья и Подолья: он указывает на «сына» или «потомка» человека, чьё имя или прозвище легло в основу. Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Лекеню́к.

Основа фамилии — Лекен. Здесь возможны два объяснения, и оба неочевидны. Первое: это вариант имени Лекса, Лексей — народных форм от Алексей или Александр. В говорах, где «с» перед гласной смягчалось и переходило в «к», имя Лексей могло звучать как Лекеней. Второе: прозвище Лекень от диалектного глагола «лекать» — лечить, знахарствовать. В таком случае Лекенюк — потомок знахаря, деревенского врачевателя. Версия с именем правдоподобнее: суффикс -юк чаще цеплялся к личным именам, чем к прозвищам по занятию.

Польский след тоже заслуживает внимания. В польских говорах «lek» — лекарство, а «lekarz» — врач, но фамилия могла возникнуть и от немецкого Leken, которое принесли переселенцы-колонисты. Однако для фамилии с украинским суффиксом это маловероятный сценарий: немецкая основа скорее получила бы окончание -ов или -ский.

Сравните с однокоренными: Лекенев, Лекенко, Лекенский. Первые две — явно русские и украинские параллели, третья — дворянская или польская форма. Лекенюк стоит особняком: она не знала сословных перегородок, потому что -юк — суффиксы крестьянских и мещанских фамилий. В дореволюционных метриках её носители — скорее всего, свободные хлеборобы или ремесленники из западных губерний.

Написание фамилии устойчиво: через «е» в первом слоге, хотя в устной речи возможны варианты Лекінюк или Леконюк. Письменная форма закрепилась, видимо, под влиянием церковнославянской или польской орфографии, где «е» читается чётко.