Фамилия Лексахин образована от имени Лексаха — просторечной, обиходной формы крестильного имени Алексей. В русской народной среде полные церковные формы часто сокращали и добавляли уменьшительные суффиксы: Алексей превращался в Лексея, а от него — в Лексаху. Суффикс -ах- характерен для северных и сибирских говоров, где так образовывали прозвища и неофициальные имена: Лексаха, Мисаха, Саваха. Основа здесь та же, что в фамилиях Лексаев, Лексанов, Лексин, но модель на -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Лексахи, то есть Лексахин.

По словообразованию фамилия типична для русского Севера и Поволжья, где -ин был продуктивнее, чем -ов, и часто закреплялся за прозвищами на -а, -я. Встречается она в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — это подтверждают данные современных телефонных справочников и переписей. В центральных регионах чаще встречаются формы Лексанов или Лекшин, а Лексахин остался локальным вариантом.

Имя Алексей (от греческого «защитник») в быту давало десятки производных: Олёша, Лёха, Лексей, Лекса. Лексаха — одна из самых «крепких» народных форм, где суффикс -ах- придаёт оттенок фамильярности или даже некоторой грубоватости. В старину так могли назвать не только ребёнка, но и взрослого мужика с характером. Фамилия, таким образом, ведёт род от человека по прозвищу Лексаха — скорее всего, незнатного, но своего в общине, крестьянина или посадского.

Официально фамилия фиксируется в ревизских сказках XIX века, например в Вологодской губернии. В списках однодворцев и государственных крестьян Лексахины встречаются реже, чем Лексановы, но устойчиво держатся в северных уездах. После отмены крепостного права часть носителей переселилась в города, но основное ядро осталось в тех же местах. Сегодня фамилия редкая: по разным оценкам, в России её носят не более нескольких сотен человек.