Фамилия Лепере — редкий пример, когда корень слова не славянский, а балтийский. Скорее всего, в её основе лежит латышское нарицательное «lepieris», что означает «притир». В старину притирами называли косметику — румяна и белила. Поэтому первая и самая прямая версия: прозвище Лепере мог получить человек, который изготавливал или торговал румянами и белилами.

Но у слова «притир» есть и второе, ремесленное значение. Так называли инструмент для притирки поверхностей — например, в слесарном или столярном деле. Отсюда и вторая версия: прозвище Лепере могло закрепиться за мастером, который постоянно работал таким инструментом. Какая из гипотез правдоподобнее — сказать трудно, обе имеют равное право на существование.

Сама фамилия стоит в начальной форме, без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Это указывает на то, что фамилия либо сохранилась в почти неизменном виде из латышского языка, либо была записана так, как звучало прозвище, без последующей русификации. Такое встречается в семьях, где предки были выходцами из Прибалтики или долго жили на землях, граничащих с латышскими говорами.

Географически фамилия Лепере встречается редко и в основном фиксируется на северо-западе России, что косвенно подтверждает её балтийское происхождение. В отличие от фамилий, образованных от церковных имён, эта несёт в себе отпечаток бытового прозвища — по занятию или характерному предмету труда.