Фамилия Лепкольнит — редкая и внешне нерусская по словообразованию. В ней нет привычных для восточнославянских фамилий суффиксов -ов, -ин или -ский. Окончание -ит и корень, напоминающий немецкое или голландское слово, сразу указывают на иноязычное происхождение. Скорее всего, перед нами искусственная или семинарская фамилия, которую давали в духовных училищах и академиях Российской империи в XVIII–XIX веках.

Семинарские фамилии часто составляли из латинских, греческих или немецких корней, чтобы придать будущему священнику звучное, книжное прозвище. Основа «Лепкольн» может быть искажением названия города Лейпциг (Leipzig) через немецкое произношение или диалектную форму. В таком случае фамилия означала бы «лейпцигский», «прибывший из Лейпцига» — но не в прямом смысле, а как указание на тему выпускного сочинения или на место, связанное с библейскими событиями (например, Лейпциг был центром книгопечатания и протестантской учёности). Суффикс -ит в русских фамилиях встречается редко, обычно в заимствованных (Москвит, Славит) или в тех, что образованы по модели прилагательных на -ский через грецизированную форму.

Вторая версия — что «Лепкольнит» восходит к немецкой фамилии Lepkoln или Lepkolm, которую русифицировали добавлением -ит. В таком случае корень мог означать «хлебный ларь» (нем. Brotkorb) или быть топонимическим, от названия деревни. Однако документальных подтверждений этой гипотезы нет, и в доступных ономастических справочниках фамилия не упоминается.

Географически носители фамилии Лепкольнит встречаются единично, в основном на территории бывшей Российской империи и в постсоветских странах. Поскольку фамилия не укладывается в крестьянскую или купеческую модель, её обладатели в XIX веке почти наверняка были из духовного сословия — священники, диаконы или их дети. Поиск по метрическим книгам и клировым ведомостям мог бы уточнить, в какой епархии и в каком училище появился первый Лепкольнит. Пока же можно с уверенностью сказать: это книжная, кабинетная фамилия, созданная за письменным столом, а не родившаяся из прозвища или ремесла.