Фамилия Лейе — редкий для России пример, когда в основе лежит не прозвище или имя, а название реки. Речь о реке Лейе (французское название Lys — «лилия», фламандское Leie), которая течёт по территории Франции и Бельгии. Она берёт начало на северо-восточных склонах возвышенности Артуа, пересекает равнины Фландрии и впадает в Шельду. Человек, получивший такую фамилию, скорее всего, жил на берегах этой реки или был оттуда родом. В русской традиции такие «географические» фамилии давали переселенцам: например, выходец из этих мест мог стать Лейе при переезде в другую страну.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: фамилия образована напрямую от гидронима без типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский). Это указывает на её западноевропейское, скорее всего, фламандское или французское происхождение. В русском языке фамилия осталась в неизменной форме, что нетипично для исконных русских фамилий, но встречается у обрусевших носителей.

Есть и другая версия: фамилия могла возникнуть от прозвища, данного человеку по схожести с чем-то или кем-то, связанным с рекой Лейе, но это менее вероятно. Основной и надёжный вариант — топонимический, привязывающий носителя к конкретному месту на карте Европы. В отличие от многих русских фамилий, у Лейе нет сословной привязки: её могли носить и крестьяне, и горожане, жившие вдоль реки. Встречается фамилия и в современной России, но остаётся крайне редкой.