Фамилия Либенец — одна из тех, что не укладывается в привычную русскую модель образования. В ней нет суффиксов -ов, -ин или -ский, характерных для большинства русских фамилий. Вместо этого мы видим основу «Либен-» и типично западнославянский суффикс -ец, который в польском, чешском и украинском языках часто указывал на происхождение человека из определённого места.

Скорее всего, корень фамилии — географический. Либенец — это название нескольких населённых пунктов в Чехии (например, район Праги Либень, а также деревни Либенец). В этом случае фамилия указывала на человека, который родом оттуда: «Либенец» буквально значит «житель Либини» или «выходец из Либенца». В польском языке есть аналогичные топонимы (Libiniec, Libiąż), откуда также могли выйти носители фамилии.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвищное происхождение от чешского или польского слова «libý» (приятный, милый) или глагола «líbit se» (нравиться). Тогда Либенец — человек, который всем нравится, приятный в общении. Однако в ономастике прозвища с таким суффиксом чаще закреплялись за выходцами из сёл, а не за личными качествами.

На территорию Российской империи фамилия попала, скорее всего, с волнами миграции из Чехии, Польши или с западнорусских земель (Беларусь, Украина), где суффикс -ец также активен. Встречается она редко, что подтверждает её локальное, «штучное» происхождение. Сословных данных по фамилии Либенец в открытых источниках почти нет — это говорит о том, что предки могли быть мещанами или крестьянами, не оставившими заметного следа в дворянских родословных книгах.

Итак, главная версия: фамилия Либенец — топонимическая, образованная от названия чешского или польского поселения. Носитель — человек, чей предок переселился оттуда и получил прозвище по месту прежнего жительства.