Фамилия Лубенец — типичный пример того, как географическое название становится семейным именем. Её основа — украинский город Лубны на Полтавщине, что на реке Сула. Житель Лубен или выходец оттуда получал прозвище Лубенец, которое затем закрепилось как фамилия. Суффикс -ец в данном случае указывает на принадлежность к местности: так образовывали названия жителей в украинской и южнорусской традиции (ср. полтавец, харьковец).

Название города Лубны, скорее всего, связано со словом «луб» — внутренний слой коры липы или вяза, который использовали для плетения лаптей, изготовления мочала и кровли. В древности луб был важным поделочным материалом, и топоним мог возникнуть от места, где его заготавливали или где росло много липового леса. Эта версия выглядит убедительнее альтернативных, поскольку для славянской ойконимии характерны названия по природным признакам.

Впрочем, возможна и другая привязка. В Липецкой области есть село Сухая Лубна, а в бассейне Оки протекает река Лубна. Носитель фамилии мог происходить и оттуда. Но массовое бытование фамилии Лубенец именно на Украине и в прилегающих областях России говорит в пользу полтавских Лубен как главного источника.

Словообразовательная модель проста: основа Лубен- (от названия города Лубны) плюс типичный для украинских фамилий суффикс -ец. По той же схеме образованы фамилии Роменец (от Ромны), Хоролец (от Хорол) и другие. Фамилия недворянская, скорее всего, принадлежала к казацкой или крестьянской среде, что подтверждается её распространением в сёлах бывшей Полтавской губернии.