Фамилия Лубенин — довольно редкая, но прозрачная по происхождению. В её основе лежит слово «луб» — так в старину называли внутреннюю, волокнистую часть коры дерева (липы, вяза, ивы), а также изделия из неё: мочало, рогожу, лыко. Корень ясный, а суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования от прозвища или профессии отца: «чей?» — Лубенин, то есть сын Лубени.

Кем мог быть Лубеня? Скорее всего, человеком, связанным с заготовкой или обработкой луба. На Руси луб шёл на кровли, лыко — на лапти, мочало — на кисти, верёвки и кули. Прозвище могли дать тому, кто драл луб, плёл лапти или торговал мочалом. В словаре В. Даля есть слово «лубенеть» — становиться жёстким, как луб, что тоже могло стать источником прозвища для человека с грубым, несгибаемым характером. Но профессиональная версия всё же правдоподобнее: фамилии на -ин от названий ремёсел встречаются сплошь и рядом (Ткачёв, Кузнецов, Плотников).

Интересно, что у фамилии есть «двойник» — Лубенцов. Там суффикс -ов, а основа та же. Лубенцов встречается чаще, но обе фамилии сходятся в одном корне. Встречаются Лубенины в основном в центральных и северных областях России — там, где липа была обычным поделочным деревом, а лапти носили повсеместно. В боярских или дворянских родах фамилия не засветилась: это крестьянская или ремесленная по происхождению фамилия, что не делает её менее древней.

Если говорить о написании: путаница с одной или двумя буквами «н» маловероятна — суффикс -ин всегда с одним «н». А вот ударение, судя по говорам, может падать как на второй слог (Лубе́нин), так и на третий (Лубени́н). Первый вариант ближе к исходному слову «луб», второй — к форме «Лубеня».