Фамилия Лубене — редкий случай, когда географический акцент слышен прямо в окончании. Это не типичная русская фамилия на -ов, -ин или -ский. Суффикс -ене указывает на западнославянское или балтийское происхождение, скорее всего, польское или литовское. В польском языке форма Lubienie или Łubienie могла означать «житель села Лубень» или «человек, связанный с местом, где растёт луб». В литовском аналогичный суффикс -ėnas образует фамилии от названий местности.

Основа Луб- восходит к слову «луб» — внутренний слой коры липы или вяза, который шёл на мочало, лыко, кровлю и даже на лубки (первые книги). Прозвище Луб или Лубень могли дать либо крестьянину, занимавшемуся дранием лыка, либо мастеру по изготовлению лубяных изделий — коробов, туесов. В говорах «луб» означало также «дубина», «колода», так что не исключён и переносный смысл: грубый, плотный человек.

Фамилия Лубене почти не встречается в центральных и северных русских областях, где преобладают фамилии на -ов. Её ареал — западные окраины: Смоленщина, Брянщина, а также Беларусь и Польша. В польских метриках XVIII–XIX веков можно найти Łubienie, Łubieniowa. При переходе в русскую среду окончание могли русифицировать, но форма Лубене сохранилась как маркер исходного региона и сословия — скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, не попавшими под массовую переделку фамилий по московскому образцу.

В этимологическом споре основная версия — от названия ремесла или места жительства. Версия о происхождении от имени Лука (Лукиан) через уменьшительную форму Лубянка слаба: суффиксальная модель не совпадает. Поэтому наиболее правдоподобно, что Лубене — это прозвище по занятию, застывшее в западнославянской грамматической форме.