Фамилия Лубенець звучит не по-русски, а по-украински. Хотя в русских говорах тоже есть слово «лубенец» (вид растения), фамилию чаще всего рассматривают в контексте украинской ономастики. Её основа — «лубен», а суффикс -ець указывает на принадлежность к месту или характерный признак. В украинском языке этот суффикс (аналог русского -ец) активно использовали для образования фамилий от названий местности.

Самый очевидный вариант происхождения — топонимический. На Украине есть город Лубны (Полтавская область) и река Лубенка. Жителя этих мест или выходца оттуда называли «лубенець» — то есть лубенский, лубенчанин. Такая модель обычна: киянин (киевлянин), полтавець (полтавец). Предок носителя фамилии с высокой вероятностью был родом из-под Лубен или имел с этим краем устойчивую связь.

Вторая версия — прозвище от слова «луб» (внутренняя часть коры липы, идущая на мочало, лыко, а также на кровлю). «Лубенцем» могли прозвать мастера, который драл луб, делал из него короба или крыл крыши. В украинских диалектах «лубен» — это ещё и вид растения (вероятно, кипрей или иван-чай), стебли которого давали волокно. Прозвище могло закрепиться за человеком, занимавшимся заготовкой или обработкой такого сырья.

Фамилия распространена преимущественно в центральной и восточной Украине, особенно в Полтавской, Черкасской и Киевской областях. Встречается она и в Беларуси, но реже. В России фамилия редка, и если попадается, то почти всегда указывает на украинские корни семьи.

Сравните с однокоренными: Лубенский, Лубенцов, Лубенко. Первая фамилия — дворянская, польско-шляхетская, вторая — русская, от той же основы «луб», третья — украинская, с типичным суффиксом -енко. Лубенець стоит особняком: она не патронимическая (не от имени отца), а локативная или профессиональная, что делает её историю более конкретной и привязанной к месту или ремеслу.

В польском языке есть слово «łubieniec» (любимец), но для украинской фамилии Лубенець эта версия маловероятна — слишком далека фонетика и семантика. Украинское «любенець» действительно означает «любимец», но пишется через «ю», а не «у». Так что народная этимология, связывающая фамилию с любовью, неверна.