Фамилия Лубенков образована от прозвища Лубенок, которое восходит к нарицательному «луб» — липовая исподняя кора, идущая на кровли (под тес), мочала, лыко. Скорее всего, прозвище Лубенок получил человек, который заготавливал луб, либо делал из него корзины (лубянки). Слово «лубянка» означало корзину из лыка, а «лубом» называли и кору липы, и саму липу. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть корзинщиком, кровельщиком или мастером по лыку.

Суффикс -енк- в основе Лубенок — уменьшительный, характерный для прозвищ, а фамильный суффикс -ов указывает на принадлежность: Лубенков буквально значит «сын Лубенка». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с уменьшительным суффиксом. В отличие от более распространённой фамилии Лубенцов, где основа Лубенец могла означать жителя города Лубны, Лубенков прямо связан с ремеслом, а не с географией. Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных регионах России, где липа была основным поделочным деревом.