Фамилия Лубеников — типичный пример того, как русская фамилия рождалась из прозвища, связанного с ремеслом. В её основе лежит слово «луб» — липовая кора, которая была важнейшим поделочным материалом в крестьянском быту. Прозвище Лубеник, скорее всего, давали человеку, который работал с лубом: делал короба, туеса, лапти, лукошки. Возможно, это был ремесленник-лубодёр, заготавливавший кору, или же мастер, который плёл из неё изделия на продажу.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: суффикс -ик указывает на лицо по его занятию (ср. гончар — гончарик, плотник — плотников), а затем стандартный патронимический суффикс -ов присоединился к прозвищу, превратив его в фамилию: Лубеник → Лубеников. Окончание -ов типично для центральных и северных регионов России, что позволяет предположить: фамилия могла возникнуть в районах, где было развито липовое ремесло — например, в Поволжье или на Вятке.

Интересно, что в русских говорах слово «лубеник» могло иметь и другое значение — так иногда называли человека с грубой, «лубяной» кожей или даже упрямого, несговорчивого (от «луб» как символ твёрдости). Однако основная, самая правдоподобная версия — профессиональная. Фамилия не получила широкого распространения, что говорит о её локальном характере: вероятно, носители Лубениковых концентрировались в одном-двух уездах, где промысел был особенно распространён.

В ономастике подобные фамилии относят к группе «ремесленных» — они прямо указывают на занятие предка, без метафор и дополнительных смыслов. Сравните с однокоренными: Лубянников (от «лубянка» — изделие из луба), Лубяной, Лубочник. Лубеников стоит особняком — суффикс -ик здесь передаёт не столько предмет, сколько человека, что делает фамилию более личной, «прозвищной».