Фамилия Лубеникова, как и большинство русских фамилий на -ов/-ев, образована от мужской формы Лубеников. В основе лежит прозвище или профессиональное имя Лубеник. Самый прямой путь к значению — слово «луб». В древнерусском языке лубом называли не только кору дерева (особенно липы), но и мочало, лыко, а также грубую ткань из этого материала. Лубеником могли прозвать человека, занятого заготовкой лыка или плетением лаптей, рогож, кулей. Это ремесло было распространено повсеместно, но особенно — в северных и центральных губерниях, где липа росла в изобилии.

Вторая, менее очевидная версия отсылает к диалектному слову «лубеника» — так в некоторых говорах называли клюкву или бруснику (ягода как бы «одета» в лубок, кожицу). В этом случае прозвище Лубеник мог получить сборщик ягод или человек, живший на болотистой ягодной местности. Оба варианта — «ремесленный» и «ягодный» — вполне равноправны, но первый надёжнее: фамилии от названий ремёсел (Кожевников, Кузнецов, Плотников) составляют огромный пласт русской ономастики, а «растительные» прозвища встречаются реже и часто имеют дополнительный оттенок (например, указывают на цвет волос или характер).

Форма Лубеникова — женская, и в современных справочниках она обычно фиксируется как вариант мужской фамилии Лубеников. Географически фамилия тяготеет к северо-западу России: чаще всего её носителей можно встретить в Ленинградской, Псковской и Новгородской областях. Это косвенно подтверждает «ремесленную» версию: именно в этих местах липовые леса и промысел по заготовке лыка были развиты исторически сильнее, чем на юге. Встречается также вариант с ударением на второй слог — Лубеникова, но литературная норма допускает оба ударения, так как фамилия не зафиксирована в строгих орфоэпических словарях с единственным вариантом.

С точки зрения словообразования фамилия проста: суффикс -ик (указывает на лицо по действию или предмету) + патронимический суффикс -ов. То есть Лубеников — буквально «сын Лубеника». Ударение в мужской форме чаще падает на второй слог (Лубе́ников), в женской — на предпоследний (Лубенико́ва), хотя в бытовой речи возможны колебания. Фамилия редкая, не входит в список ста наиболее распространённых, но при этом не является искусственной или книжной — она из тех, что возникли в крестьянской среде естественным путём, по месту работы или характерной черте.