Фамилия Лубенникова образована от прозвища Лубенник. В основе лежит слово «луб» — так называли липовую исподнюю кору. Её сдирали с дерева и использовали в хозяйстве: крыли ею кровли (под тёс), плели мочало, лыко, делали кузова и короба. Прозвище Лубенник, скорее всего, получал человек, который заготавливал этот материал или работал с ним — например, плёл из лыка корзины, которые называли лубянками.

Фамилия образована по стандартной для русской ономастики модели: прозвище на -ник → фамилия на -ов/-ев. Суффикс -ник в прозвищах часто указывал на человека по его занятию (ср. Сапожник, Плотник, Кожевник). Со временем потомки Лубенника получили фамилию Лубенниковы, а для женщин — Лубенникова.

Интересно, что в отличие от более частых фамилий на -ников (Смирников, Шапшалников), основа «Лубен-» встречается реже. Она напрямую связана с крестьянским промыслом: заготовка лыка и плетение из луба были сезонными или подсобными работами в лесных районах центральной России и Поволжья. Поэтому географически фамилия Лубенниковы чаще встречается в областях, где было развито бортничество и липовые леса — например, в бывших Рязанской, Тамбовской, Нижегородской губерниях. Это не городская, а деревенская фамилия, указывающая на конкретное ремесло предка.