Фамилия Лифенец — редкий случай, когда географическое происхождение прослеживается почти наверняка, а вот с корнем всё не так однозначно. Суффикс -ец указывает на то, что фамилия образована от названия места жительства или национальности: так называли выходца из какой-то местности (ср. молодец, донец, волынец). В данном случае основа «Лифен-» — это искажённое «Ливон» или «Лифлянд» (немецкое Livland, русское Лифляндия — историческая область на территории современной Латвии и Эстонии). То есть Лифенец — это «выходец из Лифляндии», лифляндец.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: основа могла произойти от личного имени или прозвища Лифан, Лифантий (редкая форма греческого имени Феофан — «богоявленный»). В таком случае Лифенец — это «сын Лифана». Однако против этой версии говорит то, что фамилии на -ец от личных имён в русской традиции почти не встречаются: они образуются через -ов/-ин (Лифанов, Лифантьев). Поэтому версия с «лифляндцем» выглядит убедительнее.

Фамилия очень редкая и, скорее всего, локальная. Носители могли появиться в северо-западных губерниях Российской империи (Псковской, Новгородской, Петербургской) или среди переселенцев из Прибалтики. В документах XVIII–XIX веков форма «Лифенец» могла закрепиться как упрощённое произношение слова «лифляндец» — через выпадение слога и смягчение. Социально предки могли быть крестьянами или мещанами, перебравшимися вглубь России из остзейских губерний. Других версий по этой фамилии в открытых источниках нет, и это тот случай, когда проще и точнее всего объяснить её как указание на родину первого носителя.