Фамилия Лифир — одна из тех, что ставит исследователя в тупик с первой буквы. Она не вписывается ни в одну из массовых моделей русских фамилий: нет ни суффикса -ов/-ев, ни -ин, ни -ский. Это сразу говорит о том, что перед нами либо фамилия позднего происхождения (XIX–XX век), либо нерусская по корню, либо искусственная (например, семинарская).

Скорее всего, основа здесь — искажённое или сокращённое личное имя. Самый вероятный кандидат — мужское имя Лиферий (от греческого «липера» — «маслянистый», в христианской традиции — имя святого Ливерия, папы римского). В народном произношении «Лиферий» легко могло редуцироваться до «Лифир»: отпало окончание, а «е» перешло в «и» под влиянием аканья или просто как более короткая форма. Тогда фамилия Лифир — это бессуффиксное образование от прозвища Лифир, которое дали человеку по имени Лиферий. Такая модель встречается у украинских и южнорусских фамилий (ср. Кондрат, Лазар, Назар), но для центральной России это редкость.

Вторая версия — еврейская. Фамилия Лифир может быть вариантом фамилии Лифшиц (идиш ליפּשיץ), которая происходит от названия города Лифшан (ныне Лейпциг в Германии). В черте оседлости фамилии сильно искажались при записи в метрические книги: Лифшиц → Лифир — сокращение на одно-два окончания. Подтверждением служит то, что в дореволюционных документах встречаются формы «Лифир» и «Лифиров» именно у еврейского населения западных губерний. Если предки были из местечка, а не из крестьянской среды, это объяснение самое прямое.

Третья, совсем редкая гипотеза — искусственное происхождение в семинарской среде. Фамилии давали от латинских слов: «liber» (свободный) или «līf» (жизнь, в средневековой латыни). Но для этого нужна была бы форма Лиферов или Ливиров — «Лифир» слишком коротка и нехарактерна для духовного сословия, где любили многосложные фамилии вроде Либеранский.

География фамилии сегодня размыта. По данным современных справочников, Лифир встречается в России (в основном в Краснодарском крае и Ростовской области), на Украине и в Израиле. В России носителей мало — не больше нескольких сотен человек на всю страну. Это типичная «штучная» фамилия, которую не встретишь в телефонной книге крупного города.

Что точно можно сказать: фамилия не старше XVII века, а скорее всего, оформилась в XIX веке при паспортизации. Искать её корни стоит не в древнерусских боярских родах, а в бытовой записи имени или в адаптации иноязычной фамилии к русскому произношению.