Фамилия Лифоненков — редкий случай, когда основа угадывается не сразу, хотя модель образования прозрачна. Перед нами типичная русская фамилия на -ов, но с необычным суффиксом -енк-, который обычно указывает на украинское или белорусское происхождение предка. Схема проста: отчество от прозвища или имени, оканчивающегося на гласный, часто оформлялось суффиксом -енко (сын такого-то), а затем, при переносе в великорусскую среду, к нему добавили русский патронимический суффикс -ов. Так Лифоненко стал Лифоненковым.

Ключ к разгадке — основа Лифон-. Это народная, разговорная форма канонического имени Лифан, которое, в свою очередь, является просторечным вариантом крестильного имени Липат (или Ипатий). В русских говорах имя Ипатий (греч. «высочайший») превращалось в Липат, Липан, а далее — в Лифан. Таким образом, Лифон — это уменьшительное или обиходное производное от Лифан, с заменой «а» на «о» под влиянием акающих говоров или просто как вариант произношения. Человек по имени Лифон (в миру — Ипатий) и стал родоначальником.

Версия с прозвищем менее вероятна, но возможна: в некоторых диалектах «лифон» могли назвать человека с каким-то заметным признаком, но убедительных параллелей в словарях прозвищ нет. Правдоподобнее всё же имя.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались русское и украинское население: Курская, Орловская, Воронежская области, а также юг Смоленщины. Носители фамилии Лифоненков — это потомки выходцев с Украины или из южнорусских земель, где форма на -енко была обычной, а затем, перейдя под влияние официальной русской документации, фамилия обросла конечным -ов. Социально предки были скорее всего крестьянами или однодворцами — в этих краях фамилии на -енков часто встречаются именно в среде государственных крестьян.

Фамилия редкая, не попавшая в массовые справочники, но её разбор показывает, как в одном слове сплелись церковное имя, народная фонетика и миграционные процессы XVII–XVIII веков.