Фамилия Лигунов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, скорее всего, не имело отношения ни к внешности, ни к характеру, а указывало на конкретное место в обществе или занятие. Корень здесь — «лигун», слово, которое в диалектах русского языка (особенно южных и западных) обозначало лизуна, льстеца или подхалима. Человек, умевший вовремя сказать приятное начальнику или «прилипнуть» к нужному человеку, получал меткое прозвище Лигун. От него и пошла фамилия по стандартной модели: Лигун + -ов, то есть «сын Лигуна» или «из семьи Лигуна».

Однако есть и вторая, более «ремесленная» версия. В некоторых говорах «лигуном» называли того, кто делает лиги — петли, силки или особые плетёные изделия. В этом случае предок мог быть не льстецом, а мастером, изготавливавшим снасти для ловли птиц или зверей, либо занимавшимся плетением из лыка. Эта версия менее популярна, но она объясняет, почему фамилия не стала бранной или обидной — прозвище по профессии всегда звучало нейтрально.

С географической точки зрения фамилия Лигунов встречается нечасто. Основные очаги её бытования — Брянская, Смоленская и Псковская области, а также приграничные районы Беларуси. Именно там слово «лигун» в значении «льстец» сохранялось в живой речи дольше всего. В центральной России фамилия редка, а на Севере практически не встречается — это дополнительный аргумент в пользу её диалектного происхождения.

Фамилия образована с помощью патронимического суффикса -ов, который в русской ономастике закрепился как основной для фамилий, произошедших от прозвищ и имён, оканчивающихся на твёрдый согласный. Если бы исходное прозвище звучало как «Лигунь» (с мягким знаком), мы бы имели фамилию Лигунин, но закрепился именно вариант с твёрдым окончанием.

Таким образом, Лигуновы — это потомки либо ловкого на язык человека, умевшего «подлизаться», либо умельца, вязавшего силки. Второй вариант, хоть и менее распространён в словарях, кажется более достоверным с точки зрения социальной истории: прозвища по ремеслу давали чаще и они реже исчезали из обихода, чем обидные клички.