Фамилия Лигунова — это женская форма, а её мужской вариант — Лигунов. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Лигун. Слово это редкое, и его значение зависит от того, в какой среде оно возникло.

Самый прямой путь — от глагола «лигать», который в русских говорах означал «лягать», «брыкаться», а также «шататься», «слоняться без дела». Соответственно, Лигуном могли прозвать либо беспокойного, драчливого человека, который «лигается», то есть пинается или задирается, либо, наоборот, ленивого, праздного, который «лигается» без цели. Второе значение встречается в диалектах Вологодской и Архангельской областей, что даёт возможную географическую привязку фамилии — северные и северо-восточные регионы России.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «лигун» или близкие по звучанию слова означают «болтун», «пустомеля». Однако в пользу славянской этимологии говорит типичная словообразовательная модель: основа «лиг-» (от «лигать») плюс суффикс деятеля «-ун», как в словах «бегун», «крикун», «плясун». Такие прозвища были широко распространены в Древней Руси, и фамилия Лигунов/Лигунова вписана в этот ряд.

Суффикс «-ов(-а)» указывает на принадлежность: «сын Лигуна» или «дочь Лигуна». Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, и в дореволюционных источниках встречается спорадически, в основном в центральных и северных губерниях. Сегодня носители фамилии рассеяны по всей России, но наибольшая концентрация исторически фиксируется в Архангельской и Вологодской областях, что косвенно подтверждает диалектную версию происхождения.