Фамилия Лигунец образована от прозвища Лигун, а оно, в свою очередь, связано с диалектным глаголом «лигать» — лягаться, брыкаться. В южнорусских и украинских говорах «лигуном» называли беспокойного, норовистого человека, который «брыкается», то есть спорит, упрямится или ведет себя несговорчиво. Встречается и другое значение — «тот, кто лягается», что могло относиться к строптивому коню или к человеку с тяжелым характером.

Суффикс -ец в фамилии типичен для украинской и белорусской традиции. Он указывает на принадлежность к определенному роду или месту: Лигунец — сын или потомок Лигуна. Такая модель образования (основа + -ец) распространена в западных регионах, на Правобережной Украине, в Беларуси и в южных областях России. Поэтому фамилия Лигунец чаще всего встречается в этих землях, хотя точной географической статистики по ней нет.

Слово «лигун» имеет и другую, более редкую гипотезу. В некоторых говорах «лига» — это вид рыбы (например, линь или подлещик), и прозвище могло достаться рыбаку или человеку, чем-то напоминавшему эту рыбу — например, медлительному или скользкому в общении. Но первая версия — от «лигать» (лягаться) — выглядит убедительнее, поскольку однокоренные прозвища (Лигай, Лигач) фиксируются в исторических документах именно в значении «драчун» или «задира».

Таким образом, предок современного носителя фамилии Лигунец, скорее всего, получил прозвище за строптивый нрав или неуживчивый характер. Фамилия не принадлежала к дворянским родам и не связана с известными историческими личностями — это типичная фамилия крестьянского или казачьего сословия, возникшая в среде, где прозвища давали метко и на века.