Фамилия Лигун — один из тех случаев, когда значение разгадывается почти сразу, но с неожиданным поворотом. В основе лежит старый украинский или южнорусский глагол «лига́ть» — то есть лягать, бить ногой, брыкаться (о животных). Отсюда «лигу́н» — тот, кто лягается, брыкливый конь или бык. Но перенос на человека означал не физическую силу, а характер: драчливого, задиристого, неуступчивого парня. Прозвище Лигун могли дать в сёлах Черниговщины, Полтавщины или Курщины — в зоне украинско-русского пограничья, где фамилии на -ун особенно часты.

Суффикс -ун в восточнославянских фамилиях активный и выразительный. Он образует прозвища по действию или склонности: Бегун, Крикун, Молчун, Скакун. Лигун стоит в том же ряду — это не профессия, а поведенческая черта, закрепившаяся за родом. Интересно, что в некоторых говорах «лигуном» называли ещё и упрямого, своенравного человека — не обязательно злого, но с норовом.

Встречается версия, что фамилия восходит к диалектному «лигва» (ляжка, бедро) — тогда Лигун мог быть человеком с длинными или сильными ногами, скороходом. Но это менее вероятно: слово «лигва» редкое, а глагольная модель «лягать → лягун → Лигун» прозрачнее и распространённее.

Фамилия недворянская, не священническая — её носители в массе своей крестьяне и казаки. В реестрах Войска Запорожского встречаются прозвища того же корня, хотя сам Лигун, скорее всего, оформился уже после отмены крепостного права, когда прозвища закреплялись в метриках как наследственные. Географически фамилия тяготеет к левобережной Украине и югу России: её больше всего в Сумской, Полтавской, Белгородской и Воронежской областях.

С точки зрения словообразования, это типичная «голая» фамилия без патронимического суффикса -ов/-ев или -ин. Она не склоняется к «Лигунов» — значит, закрепилась в форме прозвища, что для украинской антропонимии обычное дело. Если ваш предок — Лигун, он почти наверняка был человеком с характером, которого в селе знали как задиру или упрямца, но со временем фамилия потеряла негативный оттенок и стала просто родовым именем.