Фамилия Ликсутовы — редкий случай, когда за привычным русским окончанием -ов скрывается целый узел разноязычных корней. В основе фамилии лежит имя Ликсут, которое само по себе является производным, причём не от одного, а сразу от нескольких крестильных имён. Самая вероятная версия: Ликсут — это народная, обиходная форма имени Феликс (от латинского felix — «счастливый»). В русской традиции длинные или необычные для крестьянского слуха церковные имена часто урезали и переделывали на свой лад: так Феликс мог превратиться в Ликсута, а позже — в фамилию Ликсутов.

Есть и другая нить. Имя Ликсут могли дать и как производное от женского имени Поликсения (греческое «очень гостеприимная»). В этом случае фамилия хранит память о предке по материнской линии или о семейном почитании святой с этим именем. Третья версия связывает основу с именем Феликса — женской парой к Феликсу, что тоже объясняет появление непривычного для русского уха корня.

Какой бы из путей ни был верным, модель образования фамилии типична для восточнославянской ономастики: к основе Ликсут добавили притяжательный суффикс -ов, означающий «сын» или «потомок» человека по имени Ликсут. Фамилия закреплялась за детьми и внуками, постепенно теряя связь с исходным именем и становясь родовым прозванием. Точное место и время её возникновения сейчас установить трудно — процесс шёл несколько столетий, и такие «кабинетные» фамилии, образованные от редких форм имён, могли появиться в разных губерниях независимо друг от друга.