Основой фамилии Лимонушкин послужило имя Лимонушка. Маловероятно, что в основе фамилии Лимонушкин лежит название цитрусового «лимон», поскольку в старой России этот фрукт известен немногим. Недаром даже бытовала присказка: «Не наша еда лимоны, есть их иному». Однако еще в 1490 году на Белом озере был зарегистрирован крестьянин Гридя Лимонов. На самом деле фамилия Лимонушкин восходит к каноническому мужскому имени Филимон, которое в переводе с греческого означает «любимый». В основу же фамилии легла усеченная форма этого имени — Лимон, Лимонушка. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Лимонушка, со временем получил фамилию Лимонушкин.