Фамилия Лимонушкин на первый взгляд вызывает ассоциацию с цитрусом, но такая версия маловероятна. В старой России лимон был редкостью и диковинкой, недаром бытовала присказка: «Не наша еда лимоны, есть их иному». Однако, чтобы запутать исследователя окончательно, еще в 1490 году на Белом озере действительно жил крестьянин Гридя Лимонов — это доказывает, что корень «лимон» в русских прозвищах всё же встречался, но совсем в другом значении.

На деле фамилия Лимонушкин восходит к каноническому мужскому имени Филимон, которое в переводе с греческого означает «любимый». В народе это имя часто сокращали и переделывали на свой лад: от полного Филимона образовались усечённые формы Лимон и уменьшительно-ласкательная Лимонушка. Именно эта форма и легла в основу фамилии. Суффикс -ушк- в данном случае не уменьшительный от фрукта, а характерный для русских производных имён (сравните: Иван — Ванюшка, Филимон — Лимонушка). Поэтому фамилия Лимонушкин означает не «связанный с лимоном», а буквально «сын Лимонушки», то есть потомок человека по имени Филимон.