Фамилия Лионэ — редкий для России случай, когда фамилия звучит как французская, но корни, скорее всего, совсем другие. Написание с «э» на конце и ударение на последний слог сразу наводят на мысль о западном происхождении, но здесь важна осторожность: в русской ономастике такие окончания часто указывают на искусственное или книжное происхождение.

Первая и самая вероятная версия — фамилия происходит от французского города Лион (Lyon). В этом случае модель образования простая: «Лион» + суффикс принадлежности «-э» (во французском это может быть указание на выходца из города, но в русском языке такое окончание — калька с французского написания). Предок мог быть французом, переселившимся в Россию в XVIII–XIX веках (гувернёры, ремесленники, офицеры), или же русским, получившим фамилию в семинарии по месту учёбы или по прозвищу «лионец» — так могли называть человека, побывавшего во Франции или носившего модную французскую одежду.

Вторая версия — фамилия могла возникнуть из грузинского или армянского имени Лиона (Лев) с добавлением грузинского окончания «-э», которое указывает на принадлежность. В Грузии фамилии на «-э» (типа Церетели, Орбелиани) широко распространены, и «Лионэ» могло означать «из рода Лиона». Это правдоподобно, учитывая, что Кавказ был регионом активного смешения культур, а фамилия редкая и не встречается в центральной России массово.

Третья, менее вероятная версия — искусственное происхождение в дворянской среде. В XIX веке некоторые русские семьи, желавшие придать себе европейский лоск, русифицировали свои фамилии на французский манер. Однако «Лионэ» не похожа на типичные «де-Ла-Фоссы» — она слишком проста по структуре.

География фамилии сегодня размыта: единичные носители встречаются в Москве, Санкт-Петербурге и на юге России. Суффикса «-ов/-ев» нет, что говорит о том, что фамилия не прошла стандартную русскую адаптацию — её принесли в готовом виде. Это редкий случай, когда фамилия-топоним не обросла типичными русскими окончаниями, что делает её уникальной и легко узнаваемой.