Фамилия Липченок образована по белорусской или западнорусской модели с суффиксом -енок. Этот суффикс в восточнославянских фамилиях означает «маленький», «сын» или «ученик» — то есть Липченок буквально «сын Липки» или «маленький Липка». Если бы фамилия была русской, она звучала бы как Липкин или Липков, но именно окончание -енок выдает её северо-западное происхождение: такие фамилии типичны для Витебщины, Могилёвщины, Смоленщины и прилегающих районов.

Основа фамилии — Липка. Это может быть уменьшительная форма от крестильного имени Филипп (в народном произношении — Лип, Липка, Пип). Филипп в переводе с греческого «любящий коней», имя было распространено среди крестьян и мещан. Вторая версия — прозвище от дерева липа: липкой могли назвать человека, жившего возле липовой рощи, занимавшегося бортничеством (липовый мёд) или просто обладателя мягкого, «липового» характера. Третья, менее вероятная версия — от географического названия вроде Липки или Липно, но в таком случае фамилия чаще принимала форму Липкин или Липский.

Словообразовательная модель на -енок в прошлом была характерна для прозвищ, которые затем закреплялись как фамилии. В метрических книгах XIX века на территории Минской и Могилёвской губерний фамилия Липченок встречается у крестьян и однодворцев. Социально это фамилия недворянская, что подтверждается отсутствием в родословных книгах — она бытовала в среде сельского населения, ремесленников и мелких торговцев.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Липченок стоит в одном ряду с Липченко (украинский вариант) и Липчанинов (от названия жителя Липок). Редкость суффикса -енок делает фамилию более узнаваемой: в России она заметно реже, чем Липкин или Липов, что позволяет с высокой вероятностью определить регион предков как белорусско-смоленское пограничье.